| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Florestas. Para informações adicionais entre em contato com cnpf.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
|
Data corrente: |
30/08/2018 |
|
Data da última atualização: |
11/02/2019 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. |
|
Afiliação: |
Darlene Ana S. Duarte, UFV; Marina Rufino S. Fortes, University of Queensland; Marcio de Souza Duarte, UFV; Simone E. F. Guimarães, UFV; Lucas L. Verardo, UFV; Renata Veroneze, UFV; Andre Mauric F. Ribeiro, UFV; Paulo Sávio Lopes, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
|
Título: |
Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. |
|
Ano de publicação: |
2018 |
|
Fonte/Imprenta: |
Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018. |
|
DOI: |
dx.doi.org/10.1071/AN16018 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
A large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding. |
|
Palavras-Chave: |
Biological pathways; Post-GWAS; SNP-derived gene networks. |
|
Thesagro: |
Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
|
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Pork. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
Marc: |
LEADER 02343naa a2200325 a 4500
001 2094834
005 2019-02-11
008 2018 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $adx.doi.org/10.1071/AN16018$2DOI
100 1 $aDUARTE, D. A. S.
245 $aGenome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs.$h[electronic resource]
260 $c2018
520 $aA large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding.
650 $aAnimal breeding
650 $aPork
650 $aMelhoramento Genético Animal
650 $aSuíno
653 $aBiological pathways
653 $aPost-GWAS
653 $aSNP-derived gene networks
700 1 $aFORTES, M. R. S.
700 1 $aDUARTE, M. de S.
700 1 $aGUIMARÃES, S. E. F.
700 1 $aVERARDO, L. L.
700 1 $aVERONEZE, R.
700 1 $aRIBEIRO, A. M. F.
700 1 $aLOPES, P. S.
700 1 $aRESENDE, M. D. V. de
700 1 $aSILVA, F. F. e
773 $tAnimal Production Science$gv. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 20 | |
| 1. |  | SILVA, H. T.; COSTA, C. N.; LOPES, P. S.; VERONEZE, R.; SILVA, F. F. e. Parâmetros genéticos para Stayabilityem bovinos da raça holandesa no Brasil. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 14., 2021, Santa Catarina. Passado, presente e futuro: anais. Santa Catarina: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2021.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
|    |
| 2. | | CARRARA, E. R.; LOPES, P. S.; VERONEZE, R.; PEREIRA, R. J.; ZADRA, L. E. F.; PEIXOTO, M. G. C. D. Assessment of runs of homozygosity, heterozygosity-rich regions and genomic inbreeding estimates in a subpopulation of Guzerá (Bos indicus) dual-purpose cattle. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 141, n. 2, p. 207-219, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
|  |
| 3. | | VERNEQUE, R. da S.; VERONEZE, R.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; TORAL, F. L. B. A contribuição do melhoramento animal para a pecuária de leite. In: VILELA, D.; FERREIRA, R. de P.; FERNANDES, E. N.; JUNTOLLI, F. V. (Ed.). Pecuária de leite no Brasil: cenários e avanços tecnológicos. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 255-264.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 4. | | SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; CARVALHEIRA, J.; SILVA, D. A.; SILVA, A. A.; SILVA, F. F.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; COSTA, C. N. Autoregressive model for genetic evaluation of longitudinal reproductive traits in Brazilian Holstein cattle. Reproduction in Domestic Animals, v. 56, n. 3, p. 391-399, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 5. | | SILVA, D. A.; COSTA, C. N.; SILVA, A. A.; SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; SILVA, F. F.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; AGUILAR, I.; CARVALHEIRA, J. Autoregressive and random regression test-day models for multiple lactations in genetic evaluation of Brazilian Holstein cattle. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 137, n. 3, p. 305-315, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 6. | | SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; COSTA, C. N.; SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; SILVA, F. F.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Autoregressive single-step model for genomic evaluation of longitudinal reproductive traits in portuguese holstein cattle. Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 138, n. 3, p. 349-359, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 7. | | DIANA, T. F.; CALDERANO, A. A.; ROSTAGNO, H. S.; MARQUES, M. R. de L.; TAVERNARI, F. de C.; VERONEZE, R.; ALBINO, L. F. T. Apparent calcium retention and digestibility coefficients of limestone with different particle sizes in laying hens. Scientia Agricola, v. 80, n. e20210258, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 8. | | COSTA, E. V.; DINIZ, D. B.; VERONEZE, R.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F.; LOPES, P. S. Estimating additive and dominance variances for complex traits in pigs combining genomic and pedigree information. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 2, p. 6303-6311, June 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| 9. | | SOARES, T. L. da S.; SANTOS, F. L. C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARRARA, E. R.; BRUNELI, F. A. T.; VERONEZE, R.; LOPES, P. S. A interação genótipo-ambiente já afeta características leiteiras e idade ao primeiro parto em animais Guzerá. Revista Guzerate, ano 2, n. 2, p. 66-70, maio 2023.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
|  |
| 10. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; SILVA, F. F.; COSTA, C. N.; SILVA, H. T.; LOPES, P. S.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. GWAS and gene networks for milk-related traits from test-day multiple lactations in Portuguese Holstein cattle. Journal of Applied Genetics, v. 61, p. 465-476, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 11. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; LOPES, P. S.; SILVA, H. T.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J.; COSTA, C. N. Genomic predictions including unknown parent groups for milk traits in Portuguese Holstein cattle. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN FEDERATION OF ANIMAL SCIENCE, 73., 2022, Porto. Book of abstracts... Rome: European Federation of Animal Science, 2022. p. 135.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 12. | | SILVA, D. A.; LOPES, P. S.; COSTA, C. N.; SILVA, A. A.; SILVA, H. T.; SILVA, F. F.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Genotype by environment interaction for Holstein cattle populations using autoregressive and within- and across-countrymulti-trait reaction norms test-day models. Animal, v. 15, 100084, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 13. | | SILVA, A. A.; SILVA, F. F.; SILVA, D. A.; SILVA, H. T.; COSTA, C. N.; LOPES, P. S.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Genotype imputation strategies for Portuguese Holstein cattle using different SNP panels. Czech Journal of Animal Science, v. 64, n. 9, p. 377-386, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 14. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; LOPES, P. S.; SILVA, H. T.; VERONEZE, R.; THOMPSON, G.; COSTA, C. N.; CARVALHEIRA, J. SNP substitution effects for SCS changes across environmental gradients in Portuguese dairy cattle. In: ANNUAL MEETING OF THE EUROPEAN FEDERATION OF ANIMAL SCIENCE, 73., 2022, Porto. Book of abstracts... Rome: European Federation of Animal Science, 2022. p. 136.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 15. | | DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| 16. | | CARRARA, E. R.; PEIXOTO, M. G. C. D.; SILVA, A. A. da; BRUNELI, F. A. T.; VENTURA, H. T.; ZADRA, L. E. F.; JOSAHKIAN, L. A.; VERONEZE, R.; LOPES, P. S. Genomic prediction in Brazilian Guzerá cattle: application of a single-step approach to productive and reproductive traits. Tropical Animal Health and Production, v. 55, article 48, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 17. | | CARRARA, E. R.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERONEZE, R.; SILVA, F. F. e; RAMOS, P. V. B.; BRUNELI, F. A. T.; ZADRA, L. E. F.; VENTURA, H. T.; JOSAHKIAN, L. A.; LOPES, P. S. Genetic study of quantitative traits supports the use of Guzerá as dual-purpose cattle. Animal Bioscience, v. 35, n. 7, p. 955-963, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 18. | | CARRARA, E. R.; LOPES, P. S.; REIS, A. C. Z.; SILVA, J. X.; DIAS, L. C. de C. M.; SCHULTZ, E. B.; MARQUES, D. B. D.; SILVA, D. A. da; VERONEZE, R.; ANDRADE, R. G.; PEIXOTO, M. G. C. D. NASA POWER satellite meteorological system is a good tool for obtaining estimates of the temperature-humidity index under Brazilian conditions compared to INMET weather stations data. International Journal of Biometeorology, v. 67, n. 7, p. 1273-1277, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 19. | | ROCHA, R. de F. B.; OTTO, P. I.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; VERONEZE, R.; LEANDRO, F. D.; PEREIRA, S. M.; GUIMARÃES, S. E. F.; PANETTO, J. C. do C. Repeatability and random regression models to estimate genetic parameters for oocyte and embryo production in the Gir breed. Animal Production Science, v. 62, n. 17, p. 1661-1670, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 20. | | OTTO, P. I.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; AZEVEDO, A. L. S.; VANDENPLAS, J.; SOARES, A. C. C.; SEVILLANO, C. A.; VERONEZE R; PIRES, M. de F. A.; FREITAS, C. de; PRATA, M. C. de A.; FURLONG, J.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, W. A.; GOBO, D. O. R.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A. Genome-wide association studies for tick resistance in Bos taurus × Bos indicus crossbred cattle: A deeper look into this intricate mechanism. Journal of Dairy Science, v. 101, n. 12, p. 11020-11032, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| Registros recuperados : 20 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
